W 2005 r. rozpoczęto konserwację zachowawczą 8 300 wybranych woluminów z księgozbioru stradomskiego i kleparskiego. W 2007 roku kontynuowano konserwację zachowawczą. Tym razem zadanie zostało dofinansowane przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach Programu Operacyjnego Dziedzictwo Kulturowe, Priorytet II – Rozwój instytucji muzealnych. Konserwacji zachowawczej poddano zbiór 112 woluminów z księgozbioru kleparskiego.
W roku 2008 prace konserwatorskie były kontynuowane. Tym razem do konserwacji pełnej na wiosnę oddano dwa klocki biblioteczne zawierające łącznie 14 woluminów. Dwa dzieła zostały udostępnione w formie cyfrowej.
Na jesieni 2008 roku poddano konserwacji zachowawczej 139 książek z księgozbioru Stradomskiego. Prace te zostały dofinansowane przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach Programu Dziedzictwo Kulturowe, Priorytet II – Rozwój instytucji muzealnych.